Biaya pendaftaran ujian masuk untuk semua jalur memiliki nominal yang sama

Biaya Daftar ulang ketika sudah dinyatakan diterima hanya dibayarkan sekali di depan, meliputi Infaq Gedung, fasilitas belajar mengajar, biaya seragam sekolah dan atribut lengkap (terdiri dari 4 jenis seragam untuk putri dan 5 jenis seragam untuk putra) serta fasilitas asrama

Berikut adalah rincian perkiraan biaya kewajiban rutin setiap bulan, setiap semester dan setiap tahun yang harus dipenuhi  dari kelas X sampai kelas XII di MBI Amanatul Ummah Pacet. Biaya-biaya tersebut merupakan nominal perkiraan yang pasti akan berubah sewaktu-waktu bergantung keputusan Yayasan Pendidikan Unggulan Amanatul Ummah. Amanatul Ummah tidak memberikan beasiswa untuk program MBI dikarenakan Amanatul Ummah sendiri sudah memiliki sekolah binaan yang digratiskan bagi warga sekitar Pacet, Mojokerto dan ratusan beasiswa setiap tahunnya untuk mahasiswa S1 dan S2 dari seluruh Indonesia yang studi di Institut KH Abdul Chalim.

*Syahriah/SPP meliputi biaya sarana dan prasarana santri, makan 3x sehari, SPP Sekolah Formal, SPP Diniyah Azhariyah, Layanan Kesehatan Poskestren, Biaya Laundry (Seragam dan pakaian sehari-hari). Dibayarkan setiap bulan ketika sudah di pesantren.

*Buku paket sekolah formal, kitab-kitab kuning dan LKS atau Workbook. Pembayaran dapat diangsur selama satu semester

*Daftar ulang kenaikan kelas dibayarkan selama satu tahun sekali sedangkan untuk pembayaran Penilaian Akhir Semester dan Penilaian Tengah Semester dibayarkan setiap satu semester sekali.

*Dauroh adalah pengulangan materi dan Try Out untuk  SBMPTN/Persiapan masuk PTN dan Kedinasan khusus bagi kelas XII ditambah dengan bimibingan TOEFL (sertifikasi bahasa inggris institusi) dibayarkan sekali ketika menginjak kelas XII